پرایمر
پرایمر، یک مولکول کوچک تک-رشته‌ای از جنس DNA است که در واکنش PCR شرکت می‌کند و سر 3′ هیدروکسیل آزاد را در اختیار «آنزیم Taq پلیمراز» قرار می‌دهد. می‌دانیم که در ژنوم موجودات پیچیده‌ای مانند انسان، در هر ناحیه، تنها یکی از دو رشته DNA به عنوان ژن فعال، عمل می‌کند. معمولا هدف از انجام PCR، تکثیر این ناحیه است و به آن «ناحیه هدف» (Target Region) می‌گوییم. برای این کار به دو پرایمر نیاز است که یکی به رشته هدف و دیگری به رشته مکمل آن متصل می‌شود.در هر ناحیه، ‌تنها یکی از دو رشته DNA حاوی ژن فعال است. این رشته را «آنتی‌سنس»  می‌نامیم و توالی آن، در واقع، معکوس آن چیزی است که به عنوان توالی ژن، در پایگاه‌های اطلاعاتی ثبت شده است.طبق یک قرارداد جهانی، همه پایگاه‌های اطلاعاتی، توالی رونوشت ژن - و نه خود ژن - را ارائه می‌کنند.رشته دیگر DNA که در ناحیه مورد نظر، هیچ توالی رمزکننده‌ای در آن دیده نمی‌شود، «سِنس» (Sense) نام دارد و از آن جهت به این نام خوانده می‌شود که توالی آن از جهت 5′→3′دقیقا مطابق رونوشت (mRNA) است. پرایمر پیشرو،‌ می‌بایست به رشته آنتی‌سنس متصل شود. بنابراین به گونه‌ای طراحی می‌شود که نوکلئوتید انتهای 5′ آن مکمل نوکلئوتید مربوط، در انتهای ‌3′ناحیه هدف در رشته آنتی‌سنس باشد.
به این ترتیب،‌ اگر بر روی رشته‌های پرایمر و رونوشت - که توالی آن به عنوان ژن، پذیرفته شده است - در جهت 5′→3′
حرکت کنیم، با ترتیب یکسانی از نوکلئوتیدها برخورد خواهیم کرد. به همین دلیل، این پرایمر را «پیشرو» (Forward) می‌نامیم. همین قضیه در مورد پرایمر معکوس نیز صادق است. این پرایمر به رشته DNA مقابل (رشته سِنس) متصل می‌شود و توالی آن از جهت 5′→3′، عکس و مکمل رشته هدف (ژن) است.